Sikerült megbírkózni vele. Az lehetett a baj, hogy félig régebbi driverből másoltam a kódot és valami miatt hiányozhatott vagy összeférhetetlen volt a TIM3 órajel beállítása.
Frissítettem a teljes hal.msp.c-t akkor jó lett a TIM3 de a töbi megállt. Utána frissítenem kellett a main.c ben a többi timerre is a beállításokat.

Köszönöm azért a segítséget.

Arról tudtok valamit hogy ha egy PWM perióduson belül kapcsolgatom a TIM3->CCER regiszter kimeneti vezérlő bitjeit akkor miért van az hogy nem lekapcsolja hanem lassan kezd esni a kimenet feszültsége.

Akartam szkóp ábrát helyette rajzo inkább lerajzoltam mi a helyzet.

Azt gondolná az ember hogy ha kikapcsolom a CCxE bitet bármely kapunál akkor a kimenet azonnal alacsonyba vált de ehelyett olyan mintha egy kondenzátor kisülne a kimeneten csak lineárisan.

Emiatt elég nagy galibák lehetnek pl komplementer módban használom és simán összenyitnak a kimenetek. Kicsit dilemmában vagyok hogy egyáltalán szabad e CCxE biteket használnom emiatt üzem közben.