Vagy mivel elvárás a változó frekvencia (gondolom rágcsálók ellen), szerintem teljesen másként kell megírni a programot.
Például miért kell PWM, 1:1 négyszögjel miért nem jó?

Fogalmazok másként: Ha PWM-el csinálja, akkor a sweep frekvencián mindenképpen kattogni fog...

Ha az impulzusszélesség állandó, de a frekvencia változik, akkor mindenképpen lesz egy alacsony frekvenciás összetevő a frekvenciaváltozás tempójának megfelelően. Ha a PWM kitöltési tényezője fix, és csak az előosztót változtatod akkor nem lesz ilyen hatás - ha mégis van, akkor az szoftverhibára vezethető vissza.
Piezo esetén egy sima soros kondenzátor nem elegendő leválasztásra, mert a piezo önmagában is kapacitív, kell egy párhuzamos tag is (ellenállás vagy induktivitás), de ha a szoftver jó akkor erre nincs szükség.

Olyan oszcilloszkóppal kellene megnézni a jelet, amely képes egy teljes sweep-et felvenni kellő felbontással, hogy vissza lehessen nézni mi történik amikor kattog. Vagy a szoftvert kell újragondolni - de ezt valószínűleg amúgy is meg kell tenni majd.

Amúgy valóban fix 50% kitöltési tényező kellene szerintem is.