Az error marker-ek nem tűnnek el maguktól.
Tool->Reset Error Markers-el tudod törölni őket és javítani a hibákat.

Valamint a nyákon ha DRC akkarsz ellenőrizni akkor ne a Tools->Design Rule Check..-el csináld mert az a messages window-ba tolja ki a hibákat és abban nem feltétlen tudod megnézni rendesen a hibákat.

A Panels alatt->PCB Rules And Violations (vagy View->Panels->PCB Ru...) itt külön külön bármelyik rule-ra tudsz ellenőrizni.
Vagy az All-Rules->Jobb Klikk->Run DRC Rule Check.
És ebből ki tudsz venni hibákat amiket ne ellenőrizzen, ha az adott rule-ra kattintasz és az On-t ról ki kattintod a pipád akkor nem fogja ellenőrizni.

Érdemes az Assembly Testpoint Style/Usage és a Fabrication TP Style/Usage eket kikapcsolni mert nekem mindig csomó hibát dob amik lényegtelenk, persze ha vannak test pontjaid akkor szükséges lehet viszont a testpontok elég inkonzisztensen vannak megoldva az Altium-ban mindenki másképp csinálja nincs standardizált menetrend erre.